在财政部和农业部的关心指导下，中国农科院提出实施“科技创新工程”，经过一年多的反复调研论证，组织制定了“科技创新工程实施方案”，于2013年1月16日获得农业部和财政部的正式批复。
      科技创新工程将立足全院职能定位和优势特色，坚持以“服务产业重大科技需求、跃居世界农业科技高端”为使命，以“建设世界一流农业科研院所”为目标，以全球视野谋划科技开放合作，突出体制机制创新，调整优化学科布局，加强人才团队建设，改善科研条件，全面提升创新能力，更加凸显中国农科院改革排头兵、创新国家队、决策智囊团的地位，对全国农业科技创新、体制改革发挥先行先试和引导发展的作用。
      科技创新工程是国家长期重大工程，目前规划13年，分3个阶段，梯次推进，连续实施。第一阶段为试点探索阶段（2013—2015年），重点推行机制改革创新，优化资源配置，提升创新能力。第二阶段为调整推进阶段（2016—2020年），全面实施创新工程各项新型管理制度，大幅提升创新能力，基本建成“世界一流农业科研院所”。第三阶段为全面发展阶段（2021—2025年），健全完善国际领先的农业科研组织方式，全面提升创新能力，全院整体进入世界一流农业科研院所行列。
      经过严格评审，中国农业科学院植物保护研究所入选科技创新工程第一批试点研究所，在原有分散课题组基础上整合而成的 14个科研团队进入试点期。之后，根据学科布局需要，又增设了3个团队。目前，入选科技创新工程的科研团队总数达到17个，重点围绕农作物重大有害生物，持续开展基础生物学、暴发成因机理及防控技术的系统研究。