2016年是中国农科院科技创新工程全面推进期开官之年，也是十三五规划开局一年，植保所圆满完成创新工程试点期目标，顺利进入全面推进期。
       顺利通过创新工程试点期绩效考评。植保所在2016年对科技创新工程试点期工作进行了全面考核，试点期确定的16项目标任务、35项绩效指标全部完成，部分超额完成，获得了中国农科院创新工程试点期绩效考核优秀，排名第一的好成绩。植保所组织专家对创新团队试点期工作进行考核结果显示，植保所16个创新团队中有14个获得优秀，2个获得良好。另外，首席专家从岗位职责履行 、科研进展、科研产出、学术诚信等四方面，对团队成员进行绩效考评，其中41人被评为优秀，88人被评为良好。
       创新团队增添立地新实力，协同创新启动新焦点。根据国家产业发展需求和国际学科发展趋势，2016年植保所增设了“土壤有害生物综合防控”团队，至此，植保所创新工程创新团队增加为17个。植保所编制“柑橘黄龙病综合防控协同创新行动”和“毁灭性土传病虫害综合防控协同创新行动”实施方案，积极组织全国有关单位开展协同创新，解决我国产业重大问题。
       通过实施创新工程，植保所构筑一批农业重大有害生物研究专用平台，吸引、聚集和培养一批高水平的专家，打造一批具有国际竞争力的科研团队，全面提升农业重大生物灾害的监控能力，抢占国际植物保护科技发展前沿，力争使我院植物保护科技创新能力达到国际先进水平。