在财政部和农业部的关心指导下，中国农科院提出实施“科技创新工程”，经过一年多的反复调研论证，组织制定了“科技创新工程实施方案”，于2013年1月16日获得农业部和财政部的正式批复。
     科技创新工程将立足全院职能定位和优势特色，坚持以“服务产业重大科技需求、跃居世界农业科技高端”为使命，以“建设世界一流农业科研院所”为目标，以全球视野谋划科技开放合作，突出体制机制创新，调整优化学科布局，加强人才团队建设，改善科研条件，全面提升创新能力，更加凸显中国农科院改革排头兵、创新国家队、决策智囊团的地位，对全国农业科技创新、体制改革发挥先行先试和引导发展的作用。
     科技创新工程是国家长期重大工程，目前规划13年，分3个阶段，梯次推进，连续实施。第一阶段为试点探索阶段（2013—2015年），重点推行机制改革创新，优化资源配置，提升创新能力。第二阶段为调整推进阶段（2016—2020年），全面实施创新工程各项新型管理制度，大幅提升创新能力，基本建成“世界一流农业科研院所”。第三阶段为全面发展阶段（2021—2025年），健全完善国际领先的农业科研组织方式，全面提升创新能力，全院整体进入世界一流农业科研院所行列。