目前规划13年，将分3个阶段推进：
    第一阶段为试点探索期，从2013至2015年，为期3年。主要任务是机制创新，逐步建立以绩效管理为核心的人才团队建设、科研管理等考核、评价、激励新型管理制度，优化资源配置，提升创新能力，促进重大成果产出。选择试点研究所及其创新团队，由点到面、点面结合，注重探索、积累经验，落实创新岗位人选，分期分批启动实施创新工程各项建设任务。
    第二阶段为调整推进期，从2016至2020年，为期5年。主要任务是开展试点期绩效评估与总结工作，进一步调整优化创新工程任务，全面实施创新工程各项新型管理制度，推动科技创新、人才团队和创新平台建设、国际合作等各项工作，形成“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，创新能力大幅提升，基本建成“世界一流农业科研院所”。
    第三阶段为全面发展期，从2021至2025年，为期5年。主要任务是健全完善国际领先的农业科研组织方式，凝聚一批世界知名的农业科学家，建立完善一批世界领先的创新平台，建立完善遍布全球的科技合作网络，创新能力全面提升，全院整体进入世界一流农业科研院所行列，引领农业科技发展。