一是推动我国农业发展的需要。未来要突破耕地、水等农业资源环境制约，确保国家粮食安全，推进农业现代化与工业化、信息化、城镇化同步，必须依靠科技进步实现创新驱动，大幅度提高土地产出率、资源利用率、劳动生产率和国际竞争力。
    二是应对国际科技竞争的需要。当前，国际农业科技竞争异常激烈，我国面临着发达国家“蓄势占势”和发展中国家“追赶比拼”的强大压力。我们必须迎头赶上，抢占未来农业科技的制高点，掌握未来农业发展的主动权。
    三是实施国家创新驱动发展战略的需要。党的十八大提出实施创新驱动发展战略，到2020年科技进步对经济增长的贡献率大幅上升，进入创新型国家行列。中国农科院作为我国农业科研的国家队、领头羊、排头兵，必须勇于担当历史使命和责任，为我国农业科技率先进入世界先进行列做出应有贡献。
    四是中国农科院实现“世界一流农业科研院所”目标的需要。面对新的形势，中国农科院提出了建设“世界一流农业科研院所”的战略目标。通过什么路径来实现这一目标，尤其是要优先解决中国农科院发展面临的学科领军人才严重短缺，部分学科重复、研究力量分散，围绕国家中长期重大目标集中力量、持久攻关、形成研究积累和重大突破的能力不强，创新机制缺乏活力的问题。实施科技创新工程就是解决这些问题的重要抓手。
   鉴于以上因素考虑，在财政部和农业部的关心指导下，中国农科院提出实施科技创新工程，经过一年多的反复调研论证，组织制定了科技创新工程实施方案，于2013年1月16日获得农业部和财政部的批复。