本项目①在国际上创造性地提出了利用小农模式下玉米、小麦、大豆和花生等棉铃虫寄主作物所提供的天然庇护所治理棉铃虫对Bt-Cry1Ac棉花抗性的策略；②通过阐明棉铃虫对Bt棉花抗性的演化规律和风险评估，提出了以严格禁止种植生长中后期杀虫蛋白低表达的Bt棉花品种和商业化Bt-Cry1A类转基因玉米、大豆、小麦等为核心的抗性预防性治理技术体系；③首次揭示了棉铃虫钙黏蛋白和氨肽酶N基因突变导致对Bt棉花产生抗性的分子机制。建立了由DNA分子检测、单雌家系检测和生长抑制检测组成的棉铃虫抗性早期预警与监测技术体系，可分别进行抗性基因（灵敏度为0.0001）、抗性个体（灵敏度为0.001）和抗性种群（灵敏度为0.01）3个水平的抗性检测和监测。
农业部在转基因生物安全评价法规制订、农业转基因生物安全检定及标准体系、检测体系建设过程中，将上述成果用于我国Bt棉花安全性评价、商业化种植的安全性管理和检测体系建设。先后通过发布“农业部公告第410号”和“农业部公告第989号”等，全面实施了以棉铃虫对Bt棉花抗性预防性治理为核心的Bt棉花安全性管理政策。基于抗性治理的需求，建立和认证了转基因抗虫棉花环境安全性评价机构，重点检测Bt棉花生长中后期Bt蛋白的表达量和稳定性。2002—2009年间农业部共计发放转基因抗虫棉花安全证书1 252份，并基于棉铃虫抗性治理的需要，否决了多家国外公司在我国商业化种植表达Bt-Cry1A类基因玉米的申请。
通过本项成果的应用，在大规模商业化种植Bt棉花10余年后，我国各地棉铃虫自然种群对Bt棉花的敏感性和商业化种植之前相比没有明显变化，Bt棉花对棉铃虫的抗性效率没有降低。此外，该成果还为农业部制定我国Bt作物发展战略提供了科技支撑，对推动我国转基因作物的健康发展有重大而深远的意义。
