害虫是制约棉花生产的重要因素，其种类发生和棉花品种与种植模式的变化有密切关系。中国棉花害虫多达数百种，按取食危害特征主要分为咀嚼式和刺吸式口器害虫两类。20世纪90年代中期，用于防治鳞翅目咀嚼式害虫的转Bt基因抗虫棉花先后在美国、澳大利亚和我国商业化种植。此后，不同种类的棉花刺吸式害虫在全球范围内严重发生危害，成为国内外科学界和棉花产业界高度关注的焦点问题。为了保障我国Bt棉花商业化的健康发展，中国农业科学院植物保护研究所等单位，自1996年以来，采用系统生态学的方法和原理，监测、研究和分析了Bt棉花商业化种植后棉花生态系统节肢动物群落结构和多样性的变化以及这种变化对刺吸式害虫种群动态和发生规律的调控作用，并研究建立了主要刺吸式害虫的控制技术体系。
　　研究结果表明，由于Bt棉花对鳞翅目害虫的抗性大幅度降低了防治棉铃虫等害虫的农药用量，而显著提高了棉花生长中、后期生态系统中节肢动物群落多样性，瓢虫类、草蛉类和蜘蛛类等捕食性天敌的数量显著高于常规棉田生态系统。此类捕食性天敌数量的增加，有效控制了刺吸式害虫种类之一的棉蚜在棉花蕾铃期的发生危害，但天敌控制作用较弱的刺吸式害虫盲椿象和烟粉虱等种群急剧上升，并取代棉铃虫等鳞翅目害虫成为棉田的优势害虫类群。随着Bt棉花种植面积的增加和种群生态叠加效应的积累，盲椿象和烟粉虱的为害将呈进一步严重发展趋势。基于Bt棉花种植所引发的刺吸式害虫新问题，系统研究了盲椿象和烟粉虱等刺吸式害虫在Bt棉田的季节性种群动态和气候环境、寄主、天敌和农药对其种群数量的调控作用等，创建了基于越冬与早春防治、嗜好寄主诱杀防治和棉田化学防治的盲椿象防治技术新体系，与基于保护地越冬种群防治、寄主诱杀防治和化学防治相结合的烟粉虱防治技术新体系。
　　自2000年开始，本项成果由江苏省农林厅等单位在我国黄河流域和长江流域Bt棉花种植区推广应用，对盲椿象和烟粉虱等刺吸式害虫的控制效果达85%以上。2006—2008年，共计培训技术人员6 550人次，印发技术资料6 000多份，发放技术图书1 200余册，累计推广应用面积5 230万亩，累计新增利润22亿元，节支总额59亿元。先后发表研究论文100余篇，其中，SCI源刊物18篇，他人引用400余次。获得国家授权发明专利1项。此外，以本项成果为基础制定了《转基因植物及其产品环境安全检测－抗虫棉花生物多样性影响》国家标准，为农业部对转基因棉花的安全管理提供了技术支撑，对保障我国转基因抗虫棉产业化的健康发展发挥了重要作用。