黄萎病是世界性危害棉花的最主要病害之一，1993年在黄河流域棉区出现大面积落叶病田，2002年再度大发生，全国发病面积高达300万公顷以上，造成巨大经济损失。该项目在农业部发展棉花生产专项目资金和“863”项目“棉花抗黄、枯萎病基因工程研究”的支持下，经过10余年的研究完成了本项成果一“北方棉花黄萎病菌(Venicillium dahliae Kleb)致病力分化及落叶型菌系分子标记及其鉴别技术”。通过对我国北方冀、鲁、豫等不同生态棉区的89个黄萎病菌系的致病力进行了全面研究，在国内最先提出并证实落叶型菌系已在北方出现；研究出一套鉴别病菌致病力的寄主棉花品种6个；明确冀、鲁、豫棉区已有12个县市出现落叶型菌系，鉴别出落叶型强致病力菌系标样为V56、V73、V126等30个。釆用RAPD、AFLP分子标记鉴定技术，筛选出鉴别落叶型和非落叶型菌系的RAPD和AFLP分子标记引物，获得了落叶型黄萎菌系独有的RAPD特异条带OPB-19-（966）和OPM-20-（1691）；两条AFIP特异条带，命名为EM-(433)和EM-(110)。率先研制出棉花黄萎病落叶型菌系基因组的探针PVD8-3和PVD8-5，为黄萎病落叶型菌系的快速准确鉴定提供了可靠技术。该成果总体达到国内领先水平，其中利用AFLP分子标记技术对棉花黄萎病菌进行分子标记达到国际先进水平。