1980年1月，在邱式邦院士的倡导下，中国农业科学院成立生物防治研究室，1990年更名为生物防治研究所。2002年，与农业气象研究所合并成立农业环境与可持续发展研究所。2006年生物防治学科整体并入植物保护研究所，成立生物防治研究室。2021年，生物防治研究室调整更名为生物防治创新中心。现有在职职工26人，其中研究员11人，副研究员12人，在站博士后6人，在读研究生80余人。国家高层次人才特殊支持计划1人，上海春申卓越人才1人，山东泰山领军人才1人。

创新中心针对粮食安全和生态安全问题，以重要农作物病虫为靶标，研发微生物农药、生物化学农药、微生物源天然产物农药、天敌昆虫、捕食螨等生防产品，阐释生防微生物繁殖、毒力、抗逆等性状形成与调控机制，解析天敌昆虫及捕食螨营养、生殖和滞育调控机理，筛选高效生产菌株、优良品种或品系，解决规模化及产业化生产中的瓶颈技术，建立生物农药综合集成应用技术体系，为保障农业绿色发展和食品安全提供产品和技术支撑。建有“中美生物防治联合实验室”，“生物农药与生物防治产业技术创新战略联盟”，“国家天敌昆虫科技创新联盟”等平台。近5年，共主持或参与项目近100项，在Nature Biotechnology，PNAS等各类刊物发表论文近200篇，出版著作10部，获得农业农村重大新技术新产品4项，各类科技成果奖 10余项，发明专利授权60余件。